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胃食管反流主要治疗方法是药物，药物本身有一定的药毒性，很多患者口服抑酸药或者胃动力药后引起肝脏损害、血液系统危害。可以导致白细胞下降，甚至有肾毒性。长期使用会导致肾功能问题、皮疹、拉肚子。
抑酸药作用是抑制胃酸分泌，长时间使用后导致胃酸分泌减少，胃部需要酸性环境，才能正常消化食物，吸收相关营养物质，如果胃部缺少胃酸，属于长期低酸血症，可能会导致消化不良。钙、磷、酶等电解质需要在胃酸才能吸收，如果胃酸少吸收会出现问题。患者容易出现骨质疏松、食物中毒。长期胃酸不足容易导致肠道菌过度增生，可以引起获得性肺炎
