百日咳主要与百日咳杆菌感染有关。
百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，而百日咳杆菌主要存在于感染者的呼吸道中，感染者在咳嗽、打喷嚏或说话时，可将百日咳杆菌播散到空气中，当正常人群吸入带有致病菌的空气时，百日咳杆菌就可侵入呼吸道，并附着在喉、气管和支气管黏膜上皮细胞的纤毛上，然后在上面繁殖、释放毒素，从而引起上皮细胞变性，导致其功能障碍，引起咳嗽、咳痰等症状。婴幼儿因自身免疫系统尚未发育完善，所以属于百日咳的好发人群。另外，与百日咳患者密切接触的人群也会增加感染风险。
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