母乳性腹泻的发病机制暂时还不是十分明确，可能和母乳中前列腺素含量过高、母乳中脂肪含量过高、母亲有过敏性疾病家族史等因素有关。
1、母乳中前列腺素含量过高
前列腺素E2具有调节水和电解质的作用，其能够增加水和电解质的分泌，促进肠道蠕动。当母乳中的前列腺素E2含量增加时，宝宝进食后会导致肠道蠕动过快，因此会出现母乳性腹泻的情况。
2、母乳中脂肪含量过高
如果母乳中脂肪含量过高，则宝宝饮用后会造成肠道脂肪代谢紊乱，使肠道渗透压发生改变，从而也会诱发母乳性腹泻。
3、母亲有过敏性疾病家族史
如果母亲有过敏性疾病家族史，且在不小心摄入过敏原后仍然给宝宝喂奶，则可能会导致宝宝胃肠道功能紊乱，进而会引起母乳性腹泻。
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