布加综合征的病因有先天发育异常、遗传学血栓形成倾向、获得性血栓形成倾向等。
1、先天发育异常
在胚胎发育时期肝静脉与下腔静脉的异常融合，可造成布加综合征。
2、遗传学血栓形成倾向
比如凝血因子V Leiden突变、缺乏蛋白C和蛋白S、地中海贫血等，可造成血栓形成，而血栓机化后会形成纤维组织，容易导致门静脉阻塞，引起布加综合征。
3、获得性血栓形成倾向
比如真性红细胞增多症、原发性骨髓纤维化、骨髓增殖性肿瘤等，也可造成血栓形成，继而引起布加综合征。
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