咽畸胎瘤发病原因不明，可能是胚胎发育异常引起的，遗传因素、接触有毒物质可能会诱发咽畸胎瘤。
一、基本病因
患者处于胚胎时期时，部分组织细胞脱离整体出现单独发育的情况时，可能会引起组织细胞的异常分化和过度增殖，从而导致其出现咽畸胎瘤的情况。
二、诱发因素
1、遗传因素
患者患有相关家族遗传性疾病时，其可能会出现基因突变或染色体异常的情况，发生咽畸胎瘤的可能性较大。
2、接触有毒物质
患者长时间接触有毒的化学物质且不采取防护措施时，易造成毒素累积，诱发咽畸胎瘤形成。
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