先天性房间隔缺损病因尚未明确，但可能与遗传因素、母体怀孕期间接触有害物质等情况有关，具体分析如下：
1、遗传因素
由于患者存在先天性房间隔缺损的家族遗传史，则患病概率相对高于正常人群。
2、母体怀孕期间接触有害物质
由于母体怀孕期间长期接触有害物质，如电离辐射、环氧化物、烷化剂、亚硝胺类、巴豆油等，会对胎儿生长发育造成影响，从而导致先天性房间隔缺损。
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