先天性巨结肠通常无法预防，继发性巨结肠可根据病因，通过合理饮食、养成良好排便习惯、积极治疗原发疾病等方式进行预防。
1、先天性巨结肠
先天性巨结肠是胚胎发育期间肠神经节细胞转移异常引起，无法预防，且通过产检难以发现。
2、继发性巨结肠
(1)合理饮食
及时添加辅食，逐渐增加膳食纤维的摄入，保证饮水量充足，维持排便通常，预防发病。
(2)养成良好排便习惯
养成定期、定时排便的习惯，不可故意延长排便间隔。
(3)积极治疗原发疾病
若存在肛门畸形、低钾血症等情况，需积极治疗，避免继发巨结肠。
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