功能性消化不良的诊断方法是内镜检查、幽门螺杆菌检测、胃感觉运动功能检测等。
1.内镜检查
患者进行内镜检查时，能够清楚地在内镜下观察胃和十二指肠内的病变情况，有助于诊断功能性消化不良。
2.幽门螺杆菌检测
患者进行碳13尿素呼气试验时，能够对呼出的气体进行分析，判断是否存在幽门螺杆菌感染的情况，帮助明确病因。
3.胃感觉运动功能检测
患者进行胃感觉运动功能检测，可以了解胃排空的时间和胃容受性的程度，辅助诊断功能性消化不良。
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