心内膜弹力纤维增生症病因并未明确，可能是遗传因素、病毒感染、宫内缺氧、遗传代谢障碍性疾病、血流动力学改变等原因引起的。
1.遗传因素
心内膜弹力纤维增生症具有一定的家族遗传性，患者遗传其亲属体内的致病基因时，可造成患有心内膜弹力纤维增生症的概率增大。
2.病毒感染
患者感染柯萨奇B组病毒、腮腺炎病毒时，可能会导致其心肌细胞出现炎症反应，从而导致其出现心内膜弹力纤维增生症的情况。
3.宫内缺氧
患者未出生之前，出现宫内缺氧的情况时，可对其心内膜的发育产生影响，使其出现心内膜弹力纤维增生症。
4.遗传代谢障碍性疾病
患者患有黏多糖病、心型糖原累积病等遗传代谢障碍性疾病时，可提高其发生心内膜弹力纤维增生症的风险。
5.血流动力学改变
患者出现心室高度增加的情况时，可造成其心室壁的承受张力加大，引起异常的血流动力学改变，患者此时则会出现心内膜弹力纤维增生的情况。
