非淋菌性尿道炎的病因包括感染性因素、非感染性因素、先天性因素等。
1、感染性因素
因为感染病原体而引起发病，常见的病原体是沙眼衣原体，其次是生殖支原体、解脲脲原体等。单纯疱疹病毒、腺病毒、阴道毛滴虫等致病微生物也会引起非淋菌性尿道炎。
2、非感染性因素
膀胱镜检查、使用杀精剂等机械、化学刺激会导致尿道内菌群异常时会引起非淋菌性尿道炎。
3、先天性因素
肾发育不全、尿路畸形、多囊肾等先天畸形会发生逆行感染，增加非淋菌性尿道炎的发病几率。
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