三阴性乳腺癌发病原因不明确，可能是基因突变引起的。
基因突变是引发三阴性乳腺癌形成的基本病因。患者体内的BRCA1/2基因能够维持遗传物质功能的正常和稳定，如果其出现BRCA1/2基因突变的情况，则会导致其出现遗传物质功能改变的情况，使其发生三阴性乳腺癌的风险增大。
临床研究表明，有乳腺癌家族史、生育年龄超过35岁以及既往有乳腺不典型增生病史的女性，发生三阴性乳腺癌的可能性较大。
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