先天性肥厚性幽门狭窄目前无有效预防措施，可通过规范孕妇生活习惯、科学用药、加强监测等方式降低患病风险，尽早发现。
1、规范孕妇生活习惯
孕妇妊娠期间，需戒烟禁酒，保持心情舒畅，避免接触病毒感染患者，降低感染风险，可减少胎儿出现发育异常的概率。
2、科学用药
妊娠期间，孕妇切忌自行用药，需要时可在医生建议下使用，婴儿出生后避免使用大环内酯类药物，降低发病风险。
3、加强监测
婴儿出生后需注意观察其进食情况与腹部体征，若出现异常需立即就诊，早发现早治疗。
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